Đảng bộ Trường Đại học Nha Trang là hạt nhân chính trị của Nhà trường có chức năng lãnh đạo toàn thể đảng viên, viên chức, người lao động và sinh viên thực hiện nghiêm chỉnh đường lối, chủ trương, chính sách của Đảng, pháp luật Nhà nước; lãnh đạo thực hiện có hiệu quả các chủ trương, nhiệm vụ, công tác của Nhà trường; hoàn thành nghĩa vụ đối với Nhà nước; nâng cao đời sống vật chất, tinh thần của cán bộ, đàng viên và quần chúng; xây dựng Đảng bộ và Nhà trường ngày càng vững mạnh.

Hiện nay, Đảng bộ Trường Đại học Nha Trang là Đảng bộ cơ sở trực thuộc Đảng ủy Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa từ tháng 02/2025 theo Quyết định số 1597-QĐ/TU, ngày 06/02/2025 của Tỉnh ủy Khánh Hòa, với 15 chi bộ và 03 Đảng bộ bộ phận (trong đó có 15 chi bộ trực thuộc 03 Đảng bộ bộ phận). Toàn Đảng bộ hiện có 428 đảng viên, 191 đảng viên nữ. Những năm gần đây, ngày càng nhiều quần chúng ưu tú là những cán bộ giảng dạy, cán bộ quản lý và sinh viên được kết nạp vào Đảng, bình quân mỗi năm kết nạp 30-35 đảng viên, có năm kết nạp được trên 35 đảng viên.

Đảng bộ Trường Đại học Nha Trang đã qua 22 kỳ đại hội.