Đảng bộ Trường Đại học Nha Trang là hạt nhân chính trị của Nhà trường có chức năng lãnh đạo toàn thể đảng viên, cán bộ và sinh viên thực hiện nghiêm chỉnh đường lối, chủ trương, chính sách của Đảng, pháp luật Nhà nước; lãnh đạo thực hiện có hiệu quả các chủ trương, nhiệm vụ, công tác của Nhà trường; hoàn thành nghĩa vụ đối với Nhà nước; nâng cao đời sống vật chất, tinh thần của cán bộ, đàng viên và quần chúng; xây dựng Đảng bộ và Nhà trường ngày càng vững mạnh.

Đảng bộ Trường Đại học Nha Trang là Đảng bộ cơ sở trực thuộc Tỉnh ủy Khánh Hòa. Toàn Đảng bộ hiện có 295 đảng viên, biên chế thành 22 Chi bộ. Tuổi đời bình quân của đảng viên là 35; Đảng viên có tuổi cao nhất là 60, thấp nhất là 20. Những năm gần đây, ngày càng nhiều quần chúng ưu tú là những cán bộ giảng dạy, cán bộ quản lý và sinh viên được kết nạp vào Đảng, bình quân mỗi năm kết nạp 30-35 đảng viên, có năm kết nạp được trên 35 đảng viên.

Đảng bộ Trường Đại học Nha Trang đã qua 21 kỳ đại hội.